কিন্তু একটি আকস্মিক দুর্ঘটনায় একটি হাঙ্গর তার স্ত্রী এবং অধিকাংশ শিশুকে খেয়ে ফেলে। মাত্র একটি ছেলে বেঁচে থাকে। সেই বিশাল আঘাত পাওয়ার পর বাবা মার্লিন ভীরুতে পরিণত হয়ে যাচ্ছে। একজন বাবা হলেও তিনি একজন সুপরিচিত ভীরু। এই কারণে ছেলে নিমো মাঝেমাঝে বাবার সঙ্গে ঝগড়া করে, এমনকি সে বাবাকে ছোট ভাবে।

প্রিয় শ্রোতা, আপনারা মুভির যে সঙ্গীত শুনছেন তার নাম হলো ফার্স্ট ডে। মুভিতে নিমোর প্রথম দিনে স্কুলে যাওয়ার সময় এই সঙ্গীতটি প্রচারিত হয়।

একদিন নিমো বাবা মার্লিনের কথা না শুনে সমুদ্রে থাকা একটি জাহাজের নীচে সাঁতার কাটছে। সে বাড়িতে ফিরে যাওয়ার পথে একজন ডুবুরি তাকে ধরেন এবং তাকে নিয়ে অস্ট্রেলিয়ার সিডনি উপসাগরের একটি ডেন্টাল ক্লিনিকে নিয়ে যান।

বৃহত্ প্রবাল প্রাচীরের নিচে সুপ্রিয় ছেলে মৃত না জীবিত না কি হয়েছে তার এমন ধরনের খবর বাবা মার্লিনের জন্য নিঃসন্দেহে বিনা মেঘে বজ্রাঘাতের মতো। যদিও তিনি খুব ভীরু, তা সত্ত্বেও নিজের প্রিয় ছেলেকে উদ্ধারের জন্য মার্লিন অস্ট্রেলিয় স্রোতের সাথে নিজের প্রিয় ছেলেকে খুঁজে বের করার পথে চলে যাওয়ার সিদ্ধান্ত নেন।

যদিও মার্লিন সিদ্ধান্ত নিয়েছেন, কিন্তু রাতারাতি তার ভীরু চরিত্র পরিবর্তন অসম্ভব। বেশ কিছু বিপদের কারণে উনি প্রায় ফেরত চলে যাচ্ছিলেন। কিন্তু সৌভাগ্যের বিষয় হলো: মার্লিন 'ডোরি' নামে সামারিটান থেকে আসা একটি রেগাল ব্লু টাং। ডোরি দয়ালু এবং উদারহৃদয় একটি বড় মাছ। যদিও ডোরির গুরুতর স্মৃতিভ্রংশ মার্লিনকে অবাক করে, তবে পাশে ডোরির থাকার ফলে মার্লিন আস্তে আস্তে বুঝেছে যে, কিভাবে সাহস ও ভালোবাসা দিয়ে মনের ভয়কে পরাজিত করা যায় এবং সারা জীবনে কোন কোন ব্যাপারে চ্যালেঞ্জ মোকাবেলা করে চেষ্টা চালানোর যোগ্য হতে হয়।