বিশ্ববিদ্যালয় জীবনে হানেইয়া ইতিবাচকভাবে ছাত্রছাত্রীদের আন্দোলনে অংশ নেন। ১৯৮৭ সালে হামাস প্রতিষ্ঠার পর তিনি হামাসে যোগ দেন। ১৯৮৯ সালে ইসরাইল সরকার ঘোষণা করে যে, হামাস একটি অবৈধ্য সংস্থা। ১৯৯২ সালে হানেইয়া লেবাননে বহিষ্কৃত হন। এক বছর পর তিনি পুনরায় গাজায় ফিরে যান। এরপর তিনি ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়ের মহাপরিচালক এবং হামাস ছাত্রছাত্রীদের আন্দোলনের নেতা পরিণত হন।

হানেইয়া চমত্কার ক্রীড়া নৈপুণ্য দেখান। এরফলে ১৯৯৮ সাল থেকে তিনি হামাসের আধ্যাত্মিক নেতা ও প্রতিষ্ঠাতা ইয়াসিন সুলুনের অফিসের পরিচালকের দায়িত্ব পালন করেন। তিনি ইয়াসিনের ঘনিষ্ঠ সহকারী পরিণত হন। ২০০৬ সালের ২১ ফেব্রুয়ারী ফিলিস্তিনের প্রেসিডেন্ট মহমুদ আব্বাস হানেইয়াকে ফিলিস্তিনের প্রধানমন্ত্রীর পদে নিযুক্ত করেন এবং তিনি নতুন সরকার প্রতিষ্ঠার দায়িত্ব করেন। ২৯ মার্চ হানেইয়া শপথ গ্রহণ করেন। ২০০৭ সালের ফেব্রুয়ারী মাসে হানেইয়া প্রধানমন্ত্রীর পদ ত্যাগ করেন। মার্চ মাসে তিনি যৌথ সরকারের প্রধানমন্ত্রীর পদ নিযুক্ত হন। মে মাসে তিনি ফিলিস্তিনের স্বরাষ্ট্রমন্ত্রীর পদে নিযুক্ত হন।

    হামাসের নেতৃবৃন্দ পর্যায়ের কেন্দ্রীয় সদস্য হিসেবে হানেইয়া নরম ও বাস্তব। তিনি সবসময় হামাস ও ফিলিস্তিন ক্ষমতা সংস্থার মধ্যে যোগাযোগ ও মধ্যস্থতার কার্যক্রম চালান। ২০০৬ সালে অনুষ্ঠিত ফিলিস্তিনের সংবিধান প্রণয়ন কমিশনের নির্বাচনে হানেইয়া বহুবার বিবৃতিতে সহিংস তা কমানোর প্রস্তাব করেন।