কিন্তু গত শতাব্দীর নব্বইয়ের দশকে বৈজ্ঞানিক গবেষণার জন্য প্রয়োজনীয় পুজির অভাব ，সাজসরঞ্জাম ও ব্যবস্থাপনার পদ্ধতির পশ্চাত্পদতা ইত্যাদি কারণে চীনের বিজ্ঞান একাডেমী বহু বৈজ্ঞানিক ও গবেষককে হারিয়েছে এবং বৈজ্ঞানিক গবেষণায় অজির্ত সাফল্যের মানও বিশ্বের উন্নতমান থেকে বেশ দূরে ।

    এই ধরণের অবস্থার পরিবতর্ন ，বিশ্বের বৈজ্ঞানিক গবেষণার উন্নতমানের নাগাল পাওয়া এবং বিজ্ঞান ও প্রযুক্তির প্রতি চীনের আথর্সামাজিক দ্রুত উন্নয়নের তীব্র চাহিদা মেটানোর জন্য ১৯৯৮ সাল থেকে সরকারের সহায়তায় চীনের বিজ্ঞান একাডেমী মেধা উদ্ভাবন প্রকল্প বলে পরিচিত ব্যাপকাকারের সংস্কার চালিয়েছে । চীনের বিজ্ঞান একাডেমীর মহাসচিব লি চি কাং বলেছেন，"মেধা উদ্ভাবন প্রকল্প প্রবতর্নের উদ্দেশ্যই হলো অনবরত আমাদের বৈজ্ঞানিক ও প্রযুক্তিগত লক্ষ্য ধায করা । বৈজ্ঞানিক ও প্রযুক্তিগত লক্ষ্য রাষ্ট্রের প্রধান প্রধান বৈজ্ঞনিক ও প্রযুক্তিগত চাহিদা এবং বিশ্বের বৈজ্ঞানিক ও প্রযুক্তিগত বিকাশের পুরোভাগে ধায করে দিতে হবে । এবং একই সময় সাংগঠনিক কাঠামোর পুনবির্ন্যাস ও ব্যবস্থাপনার সংস্কার চালাতে হবে"

    মেধা উদ্ভাবন প্রকল্প প্রবতর্নের পর চীনের বিজ্ঞান একাডেমী রাষ্ট্রের রণনৈতিক চাহিদা ও বিশ্বের বৈজ্ঞানিক ও প্রযুক্তিগত বিকাশের প্রবণতা অনুসারে তার প্রধান প্রধান উন্নয়নের লক্ষ্য অথার্ত্ তথ্য , জীবন , সম্পদ ও পরিবেশ , শক্তিসম্পদ , সমুদ্র ইত্যাদি ক্ষেত্রের বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি উন্নয়নের লক্ষ্য ধায করেছে । একই সময় বিজ্ঞান একাডেমী তার ইতিহাসে বৈজ্ঞানিক ও প্রযুক্তিগত কাঠামো আর সাংগঠনিক কাঠামোর ব্যাপকতম পুনবির্ন্যাস চালিয়েছে এবং পুনবির্ন্যাসের মাধ্যমে বেশ কিছু বহুশাখাবিশিষ্ট বৃহদাকারের বৈজ্ঞানিক ও প্রযুক্তিগত উদ্ভাবন ঘাঁটি স্থাপন করেছে । এর সঙ্গে সঙ্গে প্রধানত: ভূ-পরিবেশ , জিন ইত্যাদি বিজ্ঞানের নবোত্থিত বিষয় গবেষণার জন্য চীনের বিজ্ঞান একাডেমী বেশ কিছু নতুন গবেষণাগারও প্রতিষ্ঠা করেছে ।

    চীনের বিজ্ঞান একাডেমীর পদার্থবিদ্যা গবেষণাগারের উপপ্রধান সুন মো সংবাদদাতাকে বলেছেন ,

    "চীনের বিজ্ঞান একাডেমী উদ্ভাবন প্রকল্পের মাধ্যমে অভিনব ব্যবস্থাপনার ধারণা ও ব্যবস্থাপনা আমদানি করেছে । যেমন , বিদেশে বসবাসকারী শ্রেষ্ঠ যুব বৈজ্ঞানিকদের আকৃষ্ট করা , অজির্ত বৈজ্ঞানিক সাফল্যের সঙ্গে ইন্গেজমেন্ট ব্যবস্থা ও বন্টন ব্যবস্থাকে ঘনিষ্ঠভাবে সংযুক্ত করে প্রত্যেকের সক্রিয়তাকে পুরোপুরি উদ্বুদ্ধ করা , বৈজ্ঞানিক ও প্রযুক্তিগত সাফল্যের বাষির্ক পরীক্ষা ও আন্তজার্তিক মূল্যায়নের ব্যবস্থা প্রবতর্ন ইত্যাদি ।"

    মেধা উদ্ভাবন প্রকল্প প্রবতর্নের ফলে চীনের বিজ্ঞান একাডেমীর উদ্ভাবিত বৈজ্ঞানিক ওপ্রযুক্তিগত সাফল্যবিরাটমাত্রায় বেড়েছে । ২০০৩ সালে আন্তজার্তিক পত্রিকায় প্রকাশিত এই একাডেমীর বৈজ্ঞানিক নিবন্ধের সংখ্যা ছয় বছর আগেকার চেয়ে দ্বিগুনেরও বেশী বেড়েছে ，পাওয়া আবিষ্কারের পেটেন্ট ও সফ্টওয়্যারের স্বত্বাধিকার ইত্যাদির সংখ্যাও বিরাটমাত্রায় বেড়েছে ।

    সাম্প্রতিক বছরগুলোতে চীনের বিজ্ঞান একাডেমীর বহু গবেষণাগারের মধ্যে কম্পিউটার গবেষণাগারের অজির্ত বৈজ্ঞানিক সাফল্য সবচেয়ে উল্লেখযোগ্য । এই গবেষণাগারের উদ্ভাবিত "উষার আলো ৪০০০এ。" নামে উচ্চগুণসম্পন্ন কম্পিউটারের হিসাবের সবোর্চ্চ গতি সেকেন্ডে এগারো হাজার বিলিয়ন টাইমসে পৌঁচেছে । এই গবেষণাগারের প্রধান লি কো জিয়ে বলেছেন ，

    "১৯৯৫ সালে আমাদের উদ্ভাবিত 'উষার আলো ১০০০' –এর স্থান পৃথিবীতে ছয়শোতমেরও নিচে । এখন আমাদের উদ্ভাবিত 'উষার আলো ৪০০০এ.' –এর স্থান দশম । হিসাবের গতি ছয় হাজার সাত শো গুণেরও বেশী বেড়েছে । এপযর্ন্ত এক হাজার সেটেরও বেশী এই ধরণের উচ্চগুণসম্পন্ন কম্পিউটার বিক্রি হয়েছে । আন্তজার্তিক ক্ষেত্রে এই কম্পিউটারের বেশ প্রভাব আছে ।"