তার মৃত্যুর কারন সম্পর্কে বিভিন্ন গুজব শোনা গেছে। সাবেক সোভিয়েত ইউনিয়নের সরকারী তদন্তের ফলাফল হলোঃ একটি তপ্তবায়ুভরা বেলুনের সংগে বিমানের ধাক্কা লাগার ফলে বিমান বিধ্বস্ত হওয়ায় গ্যাগারিনের মৃত্যু ঘটেছে। কিন্তু সম্প্রতি গ্যাগারিনের জীবিতকালের ঘনিষ্ঠ বন্ধু, মানবজাতির ইতিহাসে মহাশূন্যে বিচরণকারী প্রথম ব্যক্তি আলেক্সি লিওন্নোভ বিস্ময়কর একটি খবর দিয়েছেন। তিনি বলেছেন, গ্যাগারিনের মৃত্যু সম্পর্কিত সরকারী ফাইল স্পষ্টতঃই সংশোধন করা হয়েছে। সাবেক সোভিয়েত ইউনিয়ন গ্যাগারিনের মৃত্যুর স্বরূপ ঢেকে রেখেছে।

    লিয়ন্নোভ হলেন গ্যাগারিনের জীবিতকালের সবচেয়ে ভাল বন্ধু।গ্যাগারিনের মৃত্যুর দিন তিনি মস্কো থেকে পঞ্চাশ মাইল দূরের একটি জায়গায় নভোচারীদের প্রশিক্ষণ দিচিহলেন। তখন তিনি দূর থেকে দুটি প্রচন্ড শব্দ শুনতে পান। দুটি শব্দের মধ্যে সময়ের ব্যবধান মাত্র কয়েক সেকেন্ড। লিয়ন্নোভ বলেছেন, "আমরা ততক্ষনাত আলোচনা করতে লাগলাকম, এটি বিস্ফোরণ না সুপার্সোনিক বিমানের গতি শব্দের গতিকে ছাড়িয়ে যাওয়ার ফলে সৃষ্ট সোনিক বুম। আমার মনে হয়েছে বিস্ফোরণ হতে পারে, সোনিক বুমও হতে পারে।"

    যখন তারা মস্কো'র নিকটের চিকালোভ্স্কাইয়া বিমান ঘাঁটিতে ফিরে গেলেন তখন লিয়ন্নোভ দেখলেন, গ্যাগারিন ও আরেকজন উড্ডয়ন শিক্ষক এবং তাদের বাহী মিগ পনেরো জংগীবিমান একসংগে নিরুদ্দেশ হয়েছে। ভূপৃষ্ঠের কন্ট্রোল টাওয়ারের কন্ট্রোলাররা নানান উপায় প্রয়োগ করেও গ্যাগারিনের সংগে যোগাযোগ করতে পারলেন না। যাবতীয় ডাকে কোনো সাড়া পাওয়া গেল না। লিয়ন্নোভ নিয়ে দ্রুতই মস্কোর কাহাকাহির একটি তুষারাবৃত জংগলে গ্যাগারিনের বিমানের ধ্বংসাবশেষ খুঁজে পান।

    তখন সাবেক সোভিয়েত ইউনিয়নের প্রতিরক্ষামন্ত্রীর নির্দেশে একটি তদন্ত কমিটি গঠিত হয়। লিয়ন্নোভ ছিলেন এই তদন্ত কমিটির একজন সদস্য। সরকারী তদন্তের ফলাফল হলো, তপ্তবায়ুভরা একটি বেলুনের সংগে ধাক্কা লাগার ফলে গ্যাগারিনের বিমান বিধ্বস্ত হয়। লিয়ন্নোভ বলেছেন,

    "কিন্তু এর অব্যবহিত পর গুজব চারদিকে ছড়িয়ে পড়ে।"

    লিয়ন্নোভ বলেছেন, তিনি ও অন্য কয়েকজন নভোচারী সরকারকে গ্যাগরিনের মৃত্যু সম্পর্কে আবার তদন্ত চালাতে রাজী করানোর অনেক চেষ্টা করেছিলেন। কিন্তু একবার অতি মনোযোগের সংগে গ্যাগারিনের মৃত্যু সম্পর্কিত অতি গোপনীয় সরকারী ফাইল গবেষণার সময়ে তিনি হঠাত আবিষ্কার করলেন, ফাইলটির একটি প্যার্যাগ্রাফের বিষয়বস্তু সংশোধন করা হয়েছে।

    লিয়ন্নোভ বলেছেন, "সূক্ষমভাবে এই সব দলিল গবেষণার সময়ে আমি দেখলাম, ওই সময়ে আমার নিজের লেখা দলিল সংশোধন করা হয়েছে। দলিলে আমি লিখেছিলাম, দুটি প্রচন্ড শব্দের মধ্যে সময়ের ব্যবধান মাত্র এক থেকে দুইসেকেন্ড। কিন্তু এখন দলিলের এই জায়গায় ভিন্ন হস্তাক্ষরে লেখা হয়েছে। দুটি প্রচন্ড শব্দের মধ্যে সময়ের ব্যবধান বিশ সেকেন্ড।

    লিয়ন্নোভ বলেছেন, এই পরিবর্তনের তাত্পর্য্য দৃষ্টি আকর্ষী। কারণ গ্যাগারিনের বিমান বিধ্বস্ত হওয়ার সময়ে একটি নতুন সোভিয়েত পনেরো সুপার্সোনিক বিমান সেই একই অঞ্চলের উপরকার আকাশে উড়ছিল।

    লিয়ন্নোভ বলেছেন, "ওই দিনের উড্ডয়নসূচী অনুসারে দশ হাজার মিটার নীচের আকাশে সোভিয়েত পনেরো সুপার্সোনিক বিমানের উড্ডয়ন নিষেধ ছিল। কিন্তু এখন আমার বিশ্বাস,ঘটনা ঘটার সময়ে সুপার্সোনিক বিমানের বৈমানিক স্পষ্টতঃ ই উড্ডয়নের নিয়ম লংঘণ করে বিমানটিকে মেঘস্তরের নীচে চালিয়ে নিয়ে গিয়েছিলেন। আমার বিশ্বাস, গ্যাগারিনের বিমান থেকে দশ হতে বিশ মিটার দূরের জায়গায়ই এই সুপার্সোনিক বিমানের গতি শব্দের গতি ছাড়িয়ে গিয়েছিল। ফলে সোনিক বুম শোনা গিয়েছিল। এটাই আমাদের শোনা প্রথম প্রচন্ড শব্দ। তারপর বায়ুর এলোমেলো প্রবাহের প্রভাবে গ্যাগারিনের বিমান ভারসাম্য রাখতে না পেরে দ্রুত ভূপতিত হয়ে বিধ্বস্ত হয়। এই বিস্ফোরণই আমাদের শোনা দ্বিতীয় প্রচন্ড শব্দ। দুটি প্রচন্ড শব্দের মধ্যে সময়ের ব্যবধান খুবই কম।